Для организации работы с конфиденциальными документами в государственном органе целесообразно разрабатывать локальные правовые акты:

Положение об организации работы с конфиденциальной информацией
Инструкция по делопроизводству для электронного документооборота
Регламент о режиме работы
Документ о безопасности связи